심야 자율주행 버스는 대학가, 대형 쇼핑몰 등이 밀집해 심야 이동 수요가 많은 합정역~동대문역 구간 중앙버스전용차로 9.8㎞를 평일 오후 11시 30분~다음 날 오전 5시 10분 운행한다. 노선 번호는 ‘심야 A21’이다.